学園アドベンチャーゲーム「グリザイアシリーズ」の一作「グリザイア：ファントムトリガー」のアニメ化第2弾。原作ゲームのVol.1＆2をアニメ化した前作に続き、今作は原作ゲームのVol.3をアニメ化した。特殊技能訓練校「美浜学園」の狙撃手トーカは、民間委託型工作諜報員育成機関「SORD」（ソード）のメンバーたちとともに海外合同合宿に参加する。しかし、ある極秘作戦...
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以培育國防人才為目的的 SORD 與全國各地學校展開合作。廢校後被閒置的“美濱學園”被私人收購，成為了「特殊技能訓練學校」。因各種理由而失去了容身之處的少女們，在這裡被賦予了武器，並以國防的名義派遣她們執行一個又一個危險的任務。無論遭受何等苦難，卻選擇拿起武器繼續戰鬥的少女們的未來會是……